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從常規HIV基因分型數據中近實時監測HIV傳播熱點
發布時間：2016年10月27日 15時 被閱覽數： 8858 次
(一個應用案例研究（Poon AF, Gustafson R, Daly P, et al. Lancet HIV. 2016, 3(5): e231-238.）)艾滋病病毒快速進化，因此具有相似基因序列的感染很可能與最近的傳播事件有關。相關聯感染的集群可能代表具有高傳播率的亞人群。加拿大不列顛哥倫比亞大學醫學系艾滋病卓越中心的研究人員描述了一個實現自動近實時監測HIV傳播熱點的系統。
在這個應用案例研究中，研究人員使用了一個面向不列顛哥倫比亞省藥物治療數據庫的監測系統，該數據庫保存了近9000感染HIV的不列顛哥倫比亞省居民的超過32000個匿名的HIV基因分型數據。平均每天5-6個新的HIV基因分型數據被存入數據庫，觸發整個數據庫自動重新分析。研究人員使用監測系統抽取出含有5個以上相互間病毒基因距離較短個體的集群，生成描述集群增長和特征的月度報告，提供給公共衛生官員。
研究顯示，2014年6月，監測系統檢測到一個集群在3個月期間增加了11例新病例，其中包括8例傳播性耐藥病例。這個集群通常由年輕的男男性行為者構成。隨后的月度報告促成了一個強化的公共衛生隨訪，確保受影響的亞人群可獲得保健和治療。與此隨訪相關的9例病例中，已經全部得到保健，5例已開始了治療。隨訪之后，另有3例開始了治療，大部分病例達到了病毒抑制。在接下來的12個月期間，這個集群僅出現了12例新病例，耐藥傳播也減少了。
此項研究首次展示了應用監測臨床數據庫的自動化系統發生分析，發現最近的HIV爆發和支持隨后的公共衛生應對。通過對常規收集的HIV基因型數據的二次利用，這種方法經濟有效，實現實時監測新病例，可以應用于所有常規開展HIV基因分型的地區。
